A finales del Siglo XV los españoles llegan a América con la experiencia de varias luchas en la península ibérica contra los musulmanes, creando los hospitales Militares y de Campaña, teniendo claro el concepto de logística y asistencia a los enfermos.
Desde entonces, los reyes católicos habían reglamentado que cada expedición militar tuviese la presencia de un médico y un farmacéutica, es por eso que en el segundo viaje de Colón viene el cirujano Pedro Alvarez Charca y en las expediciones posteriores otros médicos hicieron parte del equipo de batalla.
Durante esta época, las enfermedades tuvieron gran influencia en el desenvolvimiento de la historia y fueron elementos decisivos en la conducción de las operaciones militares. El descuido en las condiciones sanitarias de las tropas, creó un ambiente propicio para el desarrollo de las enfermedades en los combatientes.
A principios del siglo XVII entre 1602 y 1603, llegaron a Cartagena los Hermanos de San Juan de Dios, que le dieron impulso a la atención de los pobres y enfermos de las guarniciones militares y de los marineros que llegaban. El hospital de San Sebastián de Cartagena pasa a manos de esta comunidad, para seguir prestando servicios de sanidad a los españoles.
Hasta mediados del siglo XVII las condiciones sanitarias seguían deplorables y a causa de esto se presentaban gran cantidad de epidemias y enfermedades entre españoles, soldados y marineros. Sin embargo, después de 1663 se presentaron cambios en los patrones de vivienda, hábitos alimenticios, además de transformaciones religiosas y sociales que hicieron aparecer nuevas enfermedades.
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